De S a N no hay ninguna diferencia en el marcador... pero sí que hay diferencias en el sensor de velocidad entre años. Asegúrate de qué año era el modelo donante, porque a partir de cierto año (no recuerdo cuál), el sensor de velocidad pasó de tener 4 imanes a 8 y puede que vayan por ahí los tiros si tu moto tiene el de 8 y la donante tenía el de 4.
Lo que no tengo ni idea es si se puede configurar el marcador viejo para usarlo en motos con 8 imanes
Aunque igual en ese caso te saldría más a cuenta buscar un sensor con 4 imanes (o fabricártelo tú mismo o modificar el que ya tienes).